O isomalto-oligossacarídeo é formado por hidrólise de amido de amido catalisada por enzimas de diferentes culturas de cereais (trigo, cevada, milho), pulsos (lentilhas, ervilhas), arroz, tapioca (mandioca), batata e outras fontes de Starch. Enzimas, incluindo alfa-glucosidase, alfa-amilase e pululanase, hidrolisam os polissacarídeos em amido para produzir mono-, di-, tri- e outros oligossídeos menores com linkagens de glicósídios alfa 1,4 e alfa-1,6. O fermento é adicionado para remover a glicose que pode ser formada como resultado das reações enzimáticas de hidrólise.
A etapa final na hidrólise de amido é uma etapa de sacarificação que produz xarope de alto maltose. O xarope de maltose contém naturalmente di- e tri-oligossacarídeos com ligações alfa-1,4 glicosídeo. Para converter essas moléculas em moléculas funcionais e baixas calóricas, essas ligações alfa-1,4 são convertidas enzimaticamente em ligações alfa-1,6, formando a IMO. Esta etapa é alcançada pela adição de uma enzima, transglucosidase (TG). Para resumir, a enzima TG converte malto-oligossacarídeos em IMO.